Sự xuất hiện của đô đốc Amédée Courbet vào tháng 7 năm 1883 cùng với lực lượng hải quân tiếp viện lớn càng củng cố thêm sức mạnh của quân Pháp tại Bắc Kỳ. Quân Pháp ở hoàn cảnh bắt buộc phải tấn công quân Cờ đen Lưu Vĩnh Phúc và họ nhận ra rằng hành động quân sự đương đầu với quân Cờ đen phải đi kèm một giải pháp với triều đình Việt Nam tại Huế. Nếu cần thiết, phải dùng vũ lực để có được sự công nhận bảo hộ của Pháp với Bắc Kỳ.

Ngày 30 tháng 7 năm 1883, Đô đốc Courbet, tướng Bouët và François- Jules Harmand, được bổ nhiệm là Tổng Ủy viên Hội đồng Dân Sự Bắc Kỳgần đây đã bổ nhiệm ủy viên dân sự Pháp - chung của Bắc Bộ, nắm giữ một hội đồng chiến tranh tại Hải Phòng. Cả ba đều thống nhất rằng nên khởi động sớm nhất có thể cuộc chiến chống lực lượng quân cờ đen đang đóng ở Phủ Hoài bên bờ sông Đáy và lực lượng của Hoàng Kế Viêm đối kháng với quân Pháp tại Nam Định.Vì vậy họ đã đi đến quyết định, chủ yếu là sự thúc giục của Harmand, đề nghị chính phủ Pháp cho phép thực hiện một cuộc tấn công vào hệ thống phòng thủ tại trung ương Huế, sau đó gửi một tối hậu thư yêu cầu Việt Nam phải chấp nhận sự bảo hộ của Pháp trên toàn Bắc Kỳ hoặc phải đối mặt với cuộc tấn công ngay lập tức[8].

Đề xuất này được Bộ chấp thuận vào ngày 11 tháng 8, và ngày 18 tháng 8, một số tàu chiến thuộc nhóm lực lượng hải quân duyên hải tại Bắc Kỳ của Courbet đã bắn phá các cửa phòng thủ Thuận An, lối vào của sông Huế.Ngày 20 tháng 8, tại trận Cửa Thuận An, 2 nhóm lính thủy đánh bộ Pháp và các nhóm lính trong 3 tàu chiến Pháp đã cập vào bờ và nã pháo vào các công sự phòng thủ. Trong suốt buổi chiều, pháo hạm Lynx và Vipère đã chọc thủng hàng rào phòng ngự tại cửa sông Hương, tạo điều kiện cho quân Pháp tấn công trực tiếp Huế nếu họ họ muốn[9].

Triều đình Việt Nam đã yêu cầu một hiệp ước đình chiến, ngày 25 tháng 8, Harmand tự thảo cho triều đình hèn nhát Huế một hiệp ước có tên là Hòa ước Quý Mùi. Việt Nam công nhận tính hợp pháp của sự chiếm đóng của Pháp tại Nam Kỳ, chấp nhận sự bảo hộ của Pháp đối với cả Trung Kỳ và Bắc Nam Kỳ và hứa sẽ rút quân khỏi Bắc Kỳ. Việt Nam, gia đình hoàng gia, triều đình vẫn tồn tại nhưng phải nằm dưới sự chỉ đạo của Pháp. Pháp có đặc quyền đóng quân đồn trú tại Huế. Để đảm bảo không có biến cố, một đơn vị lính đồn trú Pháp sẽ chiếm giữ lâu dài tại cửa phòng thủ Thuận An. Một dải lãnh thổ lớn thuộc Trung Kì được chuyển sang Bắc Kì và Nam Kì, nơi chịu sự quản lý trực tiếp của người Pháp. Các tỉnh Nghệ An, Thanh Hóa, Hà Tĩnh được nhập vào Bắc Kì và các tỉnh phía nam Bình Thuận vào Nam Kì. Người Pháp hủy bỏ mọi khoản nợ quốc gia. Người Pháp tiến hành loại bỏ quân Cờ Đen tại Bắc Kì và kiểm soát thương mại trên sông Hồng[10].